magistrsko delo
Matej Kolarič (Avtor), Boris Turk (Mentor), Vera Župunski (Član komisije za zagovor), Marko Dolinar (Član komisije za zagovor)

Povzetek

Za boljše prognoze rakavih obolenj je ključno razumevanje molekularnobioloških bolezenskih procesov. V magistrski nalogi smo proučevali proteolitično interakcijo proteina uPAR in zunajceličnih katepsinov, kar bi lahko imelo velik vpliv na napredovanje in metastaziranje raka. Da bi identificirali cepitveno mesto katepsina na proteinu uPAR, smo zanj pripravili cDNA konstrukt, kateremu smo dodali zapis za reporterski peptid. Fuzijski protein smo izrazili v človeških celičnih linijah MDA-MB-231, HEK-293 in HeLa. Transficirane celice HeLa, ki so od vseh celic izražale največjo količino fuzijskega proteina, smo obdelali s cisteinskimi katepsini K, L in S. Ugotovili smo, da vsi odcepijo ektodomeno uPAR. Od testiranih katepsinov je uPAR najbolj učinkovito cepil katepsin S. S tandemsko masno spektrometrično analizo smo določili cepitveni mesti D299 in Q301, ki sta posledica katepsina S. Cepitveni mesti se ujemata z velikostjo odcepljene ektodomene uPAR, ki smo jo zaznali z imunološko detekcijo. Po primarni strukturi ustrezata znani proteolitični specifičnosti katepsina S, njun položaj na terciarni struktur proteina uPAR pa pokaže, da se nahajata na sterično dostopni regiji.

Ključne besede

rak;uPAR;proteoliza;encimi;cisteinski katepsini;tandemska masna spektrometrija;magistrska dela;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.09 - Magistrsko delo
Organizacija: UL FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Založnik: [M. Kolarič]
UDK: 577.15:616-006.6(043.2)
COBISS: 31281155 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 428
Št. prenosov: 124
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Proteolytic processing of urokinase plasminogen activator receptor with cystein cathepsins
Sekundarni povzetek: The key for achieving a better outcome in cancer patients is a better understanding of cancer's molecular biology. In this master's thesis we investigated the proteolytic interaction of the uPAR protein and extracellular cathepsins, which could play a role in cancer progression and metastasis. To determine the cathepsin cleavage site on the uPAR protein, the cDNA fragment for uPAR was cloned and the reporter peptide was added to it. The fusion protein was expressed in MDA-MB-231, HEK-293 and HeLa human cell lines. The transfected HeLa cells, which were expressing the most uPAR of all tested cell lines, were treated with cysteine cathepsins K, L and S. We determined that all the cathepsins cleaved uPAR's ectodomain, with the most active cathepsin being cathepsin S. Via a tandem mass spectrometric analysis, we determined cathepsin S cleavage sites D299 and Q301 on the uPAR. The cleavage sites are in accordance with ectodomains masses obtained by immunological detection. According to uPAR's primary structure, the cleavage sites are in accordance with cathepsin S's proteolytic specificity and according to uPAR's tertiary structure, the cleavage sites are sterically accessible.
Sekundarne ključne besede: cancer;proteolysis;cysteine cathepsins;tandem mass spectrometry;
Vrsta dela (COBISS): Magistrsko delo/naloga
Študijski program: 1000377
Konec prepovedi (OpenAIRE): 1970-01-01
Komentar na gradivo: Univ. v Ljubljani, Fak. za kemijo in kemijsko tehnologijo, smer Biokemija
Strani: X f., 44 str.
ID: 12036924