magistrsko delo
Ana Miglioranza (Avtor), Uroš Petrovič (Recenzent), Jerneja Ambrožič (Mentor), Janez Mulec (Komentor)

Povzetek

Analizirali smo 125 izolatov bakterije Escherichia coli iz brisov pešpoti v slovenskih turističnih jamah ter iz gvana netopirjev, ki so jih vzorčili sodelavci Inštituta za raziskovanje krasa ZRC SAZU. E. coli je ena izmed primarnih intestinalnih bakterij pri ljudeh ter endotermnih živalih in je pogosto uporabljena kot indikator fekalne onesnaženosti. Večina sevov E. coli je neškodljivih, težavo pa predstavljajo sevi, ki so zaradi prisotnosti različnih genov za dejavnike virulence patogeni. Takšni sevi so lahko pogosto tudi odporni proti protimikrobnim učinkovinam, kar dandanes predstavlja veliko nevarnost za zdravje ljudi po vsem svetu. Cilj magistrskega dela je bil okarakterizirati izolate E. coli in ugotoviti njihov patogeni potencial ter odpornost proti protimikrobnim učinkovinam. Izolate smo z uporabo metode ERIC-PCR razvrstili v 75 različnih klonalnih skupin ter jih uvrstili v filogenetske skupine po prvotni in po prenovljeni metodi. Z uporabo molekularnih metod smo pri neklonalnih sevih preverili prisotnost 37 virulenčnih genov, genov za beta-laktamaze ter izbrane sekvenčne tipe. Dodatno smo pri sevih ugotavljali tudi izražanje hemolize ter preverjali odpornost proti sedmim protimikrobnim učinkovinam. Večino sevov iz brisov površin smo uvrstili v filogenetsko skupino B1 (43 %), sevov iz gvana pa v skupino B2 (36 %). Sevi iz gvana so imeli v povprečju 7 genov za dejavnike virulence na sev, sevi iz brisov površin pa 5. Najbolj virulenten sev iz gvana je imel 19 virulenčnih genov, iz brisov površin pa 21. Zanimivo je, da je bilo le 7 sevov (15 %) iz brisov površin in 2 (7 %) iz gvana odpornih proti vsaj eni izmed testiranih protimikrobnih učinkovin.

Ključne besede

Escherichia coli;geni za dejavnike virulence;filogenetske skupine;odpornost proti protimikrobnim učinkovinam;kraške jame;netopirsko gvano;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.09 - Magistrsko delo
Organizacija: UL BF - Biotehniška fakulteta
Založnik: [A. Miglioranza]
UDK: 577.2:631.854(043.2)
COBISS: 121749763 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 46
Št. prenosov: 13
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Characterization of Escherichia coli strains isolated from bat guano and surfaces in karst caves
Sekundarni povzetek: We analysed 125 Escherichia coli isolates from swabs taken from footpaths in tourist caves in Slovenia and from bat guano sampled by the Karst Research Institute ZRC SAZU. E. coli is an important intestinal bacterium in humans and endothermic animals and is generally considered an indicator of faecal pollution. Although most E. coli strains are commensals, they can also become pathogens if they acquire virulence factor genes. Such strains can also be frequently resistant to antimicrobial agents, posing a major threat to humans worldwide. The objective of the thesis was to characterise E. coli isolates and determine their pathogenic potential and resistance to antimicrobial agents. Isolates were classified into 75 different clonal groups using the ERIC-PCR method. Non-clonal strains were assigned to phylogenetic groups according to the original and revised protocol. Molecular methods were used to examine all strains for the presence of 37 virulence genes, genes encoding beta-lactamases, and sequence types. It was also determined whether the strains exhibited hemolysis and resistance to antimicrobial agents. The majority of strains from surface swabs were assigned to phylogroup B1 (43 %) and strains from guano were mainly assigned to phylogroup B2 (36 %). The strains isolated from bat guano had an average of 7 virulence factor genes per strain, while the strains from surface swabs had 5 genes. The most virulent strain from guano had 19 genes, while the most virulent strain from surface swab had 21 genes. Interestingly, only 7 strains (15 %) from surface swabs and 2 strains (7 %) from guano were resistant to at least one of the antimicrobials tested.
Sekundarne ključne besede: Escherichia coli;virulence factor genes;phylogenetic groups;antimicrobial resistance;karst caves;bat guano;
Vrsta dela (COBISS): Magistrsko delo/naloga
Študijski program: 0
Konec prepovedi (OpenAIRE): 1970-01-01
Komentar na gradivo: Univ. v Ljubljani, Biotehniška fak., Oddelek za biologijo, Magistrsko delo magistrskega študijskega programa 2. stopnje Molekulska in funkcionalna biologija
Strani: 1 spletni vir (1 datoteka PDF (XII, 109 str., [13] str. pril.))
ID: 16420263