Info

Roman Jerala

E-publications:

Original Scientific Article

Ajasja Ljubetič, Fabio Lapenta, Helena Gradišar, Igor Drobnak, Jana Aupič, Žiga Strmšek, Tanja Ćirković-Veličković, Adam Round, José María Carazo, Roberto Melero, Roman Jerala, Duško Lainšček, Iva Hafner Bratkovič, Andreja Majerle, Nuša Krivec, Mojca Benčina, Tomaž Pisanski: Design of coiled-coil protein-origami cages that self-assemble in vitro and in vivo

Jana Aupič, Fabio Lapenta, Roman Jerala: SwitCCh

Monika Avbelj, Simon Horvat, Roman Jerala: ǂThe ǂrole of intermediary domain of MyD88 in cell activation and therapeutic inhibition of TLRs

Jožica Vašl, Alja Oblak, Tina Tinkara Peternelj, Javier Klett, Sonsoles Martín-Santamaría, Theresa L. Gioannini, Jerrold P. Weiss, Roman Jerala: Molecular basis of the functional differences between soluble human versus murine MD-2

Sabina Božič, Helena Gradišar, Jana Aupič, Adam Round, Roman Jerala: Triangular in vivo self-assembling coiled-coil protein origami

Jana Murovec, Katja Guček, Borut Bohanec, Monika Avbelj, Roman Jerala: DNA-free genome editing of Brassica oleracea and B. rapa protoplasts using CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complexes

Vid Jazbec, Roman Jerala, Mojca Benčina: Proteolytically activated CRAC effectors through designed intramolecular inhibition

Mojca Pavlin, Jasna Lojk, Klemen Strojan, Iva Hafner Bratkovič, Roman Jerala, Adrijana Leonardi, Igor Križaj, Nataša Drnovšek, Saša Novak, Peter Veranič, Vladimir Boštjan Bregar: ǂThe ǂrelevance of physico-chemical properties and protein corona for evaluation of nanoparticles immunotoxicity - in vitro correlation analysis on THP-1 macrophages

Estera Merljak, Benjamin Malovrh, Roman Jerala: Segmentation strategy of de novo designed four-helical bundles expands protein oligomerization modalities for cell regulation

Vid Kočar, John S. Schreck, Slavko Čeru, Helena Gradišar, Nino Bašić, Tomaž Pisanski, Jonathan P. K. Doye, Roman Jerala: Design principles for rapid folding of knotted DNA nanostructures

Eva Rajh, Tina Šket, Arne Praznik, Petra Sušjan, Alenka Šmid, Dunja Urbančič, Mihaela Zidarn, Viktorija Tomič, Gabriele Turel, Tatjana Lejko-Zupanc, Roman Jerala, Mojca Benčina, Irena Mlinarič-Raščan, Polona Kogovšek, Tina Demšar, Mojca Milavec, Katarina Prosenc, Žiga Jensterle: Robust saliva-based RNA extraction-free one-step nucleic acid amplification test for mass SARS-CoV-2 monitoring

Tina Fink, Roman Jerala: Designed protease-based signaling networks

Hana Esih, Klemen Mezgec, Martina Billmeier, Špela Malenšek, Mojca Benčina, Blaž Grilc, Duško Lainšček, Roman Jerala, Sara Vidmar, Mirjana Gašperlin, Marjan Bele, Mihaela Zidarn, Tatjana Lejko-Zupanc, Tina Morgan: Mucoadhesive film for oral delivery of vaccines for protection of the respiratory tract

Anže Verbič, Tina Lebar, Arne Praznik, Roman Jerala: Subunits of an E3 ligase complex as degrons for efficient degradation of cytosolic, nuclear, and membrane proteins

Tea Govednik, Duško Lainšček, Urška Kuhar, Marva Lachish, Sandra Janežič, Malan Štrbenc, Uroš Krapež, Roman Jerala, Daphne Atlas, Mateja Manček Keber: TXM peptides inhibit SARS-CoV-2 infection, syncytia formation, and lower inflamatory consequences

Diana Paveljšek, Karolina Ivičak, Primož Treven, Mojca Benčina, Roman Jerala, Irena Rogelj: Distinctive probiotic features share common TLR2-dependent signalling in intestinal epithelial cells

Fabio Lapenta, Jana Aupič, Marco Vezzoli, Žiga Strmšek, Stefano Da Vela, Dmitrii Ivanovich Svergun, José María Carazo, Roberto Melero, Roman Jerala: Self-assembly and regulation of protein cages from pre-organised coiled-coil modules

Monika Avbelj, Iva Hafner Bratkovič, Duško Lainšček, Mateja Manček Keber, Tina Tinkara Peternelj, Gabriela Panter, Steven P. Treon, Boris Gole, Uroš Potočnik, Roman Jerala: Cleavage-mediated regulation of Myd88 signaling by inflammasome-activated caspase-1

Lucija Kadunc, Duško Lainšček, Rok Gašperšič, Petra Sušjan, Uroš Kovačič, Miha Butinar, Boris Turk, Roman Jerala, Iva Hafner Bratkovič: Engineered combinatorial cell device for wound healing and bone regeneration

Jana Aupič, Žiga Strmšek, Fabio Lapenta, David Pahovnik, Tomaž Pisanski, Igor Drobnak, Ajasja Ljubetič, Roman Jerala: Designed folding pathway of modular coiled-coil-based proteins

Jana Aupič, Fabio Lapenta, Žiga Strmšek, Roman Jerala: Towards designing new nano-scale protein architectures

Filip Ivanovski, Maja Meško, Tina Lebar, Marko Rupnik, Duško Lainšček, Miha Gradišek, Roman Jerala, Mojca Benčina: Ultrasound-mediated spatial and temporal control of engineered cells in vivo

Tadej Satler, San Hadži, Roman Jerala: Crystal structure of de novo designed coiled-coil protein origami triangle

Magdalena Kulma, Aleksandra Šakanović, Apolonija Bedina Zavec, Simon Caserman, Neža Omersa, Gašper Šolinc, Toshihide Kobayashi, Katarzyna Kwiatkowska, Roman Jerala, Marjetka Podobnik, Gregor Anderluh, Sara Orehek, Iva Hafner Bratkovič, Urška Kuhar, Brigita Slavec, Uroš Krapež, Matjaž Ocepek: Sequestration of membrane cholesterol by cholesterol-binding proteins inhibits SARS-CoV-2 entry into Vero E6 cells

Maja Meško, Tina Lebar, Petra Dekleva, Roman Jerala, Mojca Benčina: Engineering and rewiring of a calcium-dependent signaling pathway

Alnilan Cristina Barros Lobato, Maja Šubic, Tea Romih, Lea Žibret, Dino Metarapi, Mojca Benčina, Roman Jerala, Kristijan Vidović, Samo B. Hočevar, Nikola Tasić: Development of a simple gelatin-based sensing platform for the sensitive label-free impedimetric detection of SARS-CoV-2

Vid Jazbec, Nina Varda, Ernest Šprager, Maja Meško, Sara Vidmar, Rok Romih, Marjetka Podobnik, Andreja Kežar, Roman Jerala, Mojca Benčina: Protein gas vesicles of bacillus megaterium as enhancers of ultrasound-induced transcriptional regulation

Fei Xiao, Longfei Luo, Xin Liu, Ajasja Ljubetič, Nengzhi Jin, Roman Jerala, Guang Hu: Comparative simulative analysis and design of single-chain self-assembled protein cages

Sara Orehek, Taja Železnik, Duško Lainšček, Špela Malenšek, Martin Šala, Mojca Benčina, Roman Jerala, Iva Hafner Bratkovič: Cytokine-armed pyroptosis induces antitumor immunity against diverse types of tumors

Maruša Ramšak, Dominique A. Ramirez, Loren E. Hough, Michael R. Shirts, Sara Vidmar, Kristina Eleršič, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Programmable de novo designed coiled coil-mediated phase separation in mammalian cells

Review Article

Mateja Manček Keber, Roman Jerala: Postulates for validating TLR4 agonists

Estera Merljak, Anja Golob Urbanc, Tjaša Plaper, Roman Jerala: Coiled coils as versatile modules for mammalian cell regulation

Short Scientific Article

Darja Marolt, Duško Lainšček, Jane Kinghorn, Zsolt Sebestyén, Jurgen Kuball, Leila Amini, Petra Reinke, Anke Fuchs, Roman Jerala, Mojca Benčina: CTGCT, Centre of Excellence for the Technologies of Gene and Cell Therapy

Published Scientific Conference Contribution Abstract

Fabio Lapenta, Jana Aupič, Žiga Strmšek, Roman Jerala: Oligomeric self-assembly of a coiled-coil-based bipyramidal protein cage

Doctoral Dissertation

Diana Paveljšek, Irena Rogelj, Roman Jerala: Mehanizmi aktivacije naravne imunosti celic črevesnega epitelija z izbranimi probiotičnimi sevi bakterij

Lucija Kadunc, Iva Hafner Bratkovič, Roman Jerala: Priprava enkapsuliranih celic za dostavo rastnih dejavnikov

Fabio Lapenta, Roman Jerala: In vivo samosestavljanje proteinskega origamija na osnovi obvitih vijačnic

Duško Lainšček, Roman Jerala: Modifikacija genoma in aktivacija genov v sesalskih celicah z dostavo sistema CRISPR/Cas9 z zunajceličnimi vezikli

Tina Fink, Roman Jerala: Logična vezja na osnovi razcepljenih ortogonalnig proteaz

Van Thai Ha, Mateja Manček Keber, Igor Križaj, Metka Lenassi, Iva Hafner Bratkovič, Roman Jerala: Vloga zunajceličnih veziklov in njihovih sintetičnih analogov v modulaciji aktivnosti TLR4

Katja Leben, Roman Jerala: Načrtovanje uravnavanja transkripcije preko medsebojnega vpliva DNA-vezavnih proteinov

Arne Praznik, Roman Jerala: Razvoj hitro odzivnega sistema na osnovi proteolize za izločanje proteinov iz endoplazemskega retikuluma

Jan Lonzarić, Mateja Manček Keber, Alojz Ihan, Roman Jerala, Ana Plemenitaš: Priprava umetnih zaklenjenih proteinskih regulatorjev prepisovanja genov

Jana Aupič, Roman Jerala, Jurij Lah, Kristina Djinović Carugo, Gregor Anderluh: Načrtovanje de novo proteinskega konformacijskega stikala na osnovi motiva ovite vijačnice

Marko Bunc, Jurij Lah, Irena Kralj Cigić, Črtomir Podlipnik, Roman Jerala, Matjaž Bončina: Mehanizem, termodinamika in kinetika agregacije terapevtskih monoklonskih protiteles

Anja Golob Urbanc, Roman Jerala: Načrtovanje cepljenega superantigena za imunoterapijo raka

Žiga Strmšek, Helena Gradišar, Roman Jerala: Predstavitev proteinskih domen na ogrodju proteinskega origamija iz ovitih vijačnic v obliki tetraedra

Master's Thesis

Anja Golob Urbanc, Simon Horvat, Gregor Anderluh, Branka Javornik, Roman Jerala: Uporaba sintetičnih DNA vezavnih proteinov za izvedbo logičnih operacij v bioloških sistemih

Rok Miklavčič, Iva Hafner Bratkovič, Miha Pavšič, Roman Jerala, Gregor Gunčar: Ovrednotenje vpliva aktivacije z AMP aktivirane protein kinaze na inflamasom NLRP3

Benjamin Malovrh, Roman Jerala, Gregor Gunčar, Vera Župunski, Janez Plavec: Načrt in karakterizacija inducibilne dimerizacije svežnja štirih vijačnic v sesalski celični liniji HEK293T

Erik Rihtar, Matic Legiša, Romana Marinšek-Logar, Roman Jerala: Priprava od majhnih molekul odvisnih dimerizacijskih sistemov na osnovi cepljenih proteinov

Tadej Satler, Roman Jerala, Brigita Lenarčič, Gregor Gunčar, Janez Plavec: Priprava in karakterizacija bipiramidalne proteinske kletke iz obvitih vijačnic za vezavo nanoteles

Špela Malenšek, Roman Jerala, Miha Pavšič, Gregor Gunčar, Janez Plavec: Imunoterapija raka

Elvira Boršić, Iva Hafner Bratkovič, Vera Župunski, Roman Jerala, Gregor Gunčar: Vpliv kalijevih ionov in vrste oligomera NLRP3 na aktivacijo inflamasoma

Mateja Žvipelj, Roman Jerala, Gregor Gunčar, Ajda Taler-Verčič, Marko Dolinar: Uporaba alternativnega izrezovanja intronov za nadzor izražanja proteinov

Tomislav Kostevc, Roman Jerala, Brigita Lenarčič, Marko Novinec, Gregor Gunčar: Izboljšava CAR-T celične imunoterapije z implementacijo verige CD3[epsilon]

Luka Brvar, Roman Jerala, Simon Horvat, Simon Horvat, Iva Hafner Bratkovič, Roman Jerala, Mojca Narat, Iva Hafner Bratkovič: Priprava in preverjanje aktivnosti delecijske mutante gena naravne imunosti NLRP3 s tehnologijo CRISPR/Cas9

Nik Franko, Roman Jerala, Roman Jerala, Branka Javornik, Mojca Narat: Inducibilen sistem za hitro izločanje proteinov iz sesalskih celic

Amadej Jelenčič, Roman Jerala, Maja Čemažar, Anja Golob Urbanc: Heterodimerizacijske domene človeškega izvora za uravnavanje celičnega signaliziranja CAR-T

Sanja Terzić, Sabina Berne, Roman Jerala: Zaviranje endogenih inhibitorjev ß-katenina z načrtovanimi kratkimi protismiselnimi oligonukleotidi

Anže Verbič, Darja Žgur-Bertok, Romana Marinšek-Logar, Roman Jerala: Uporaba umetnih transkripcijskih regulatorjev za uravnavanje prepisovanja genov v sesalskih celicah

Iva Černoša, Roman Jerala, Roman Jerala, San Hadži, Mojca Narat, Tom Turk, San Hadži: Karakterizacija regulacije modula toksin-antitoksin higBA2 iz bakterije Vibrio cholerae in vivo

Arne Praznik, Roman Jerala, Simon Horvat, Simon Horvat, Roman Jerala, Mojca Narat: Razvoj umetnih transkripcijskih dejavnikov na osnovi proteinov Cas9 za regulacijo regulatornih T-celic

Anja Tušar, Matej Butala, Roman Jerala, Roman Jerala, Mojca Narat, Matej Butala: Predstavitev proteinskih domen fluorescenčnih proteinov in luciferaze na ogrodju proteinskega origamija iz obvitih vijačnic v obliki tetraedra

Undergraduate Thesis

Monika Ciglič, Tom Turk, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Vpliv sprememb proteina MyD88 na signalizacijo Tollu-podobnih receptorjev

Gregor Zupin, Alojz Ihan, Mojca Narat, Roman Jerala: Vpliv raznolikosti bakterijskih endotoksinov na imunski odziv

Anže Smole, Gregor Anderluh, Simon Horvat, Roman Jerala: Priprava in biološka aktivnost kompleksov imunostimulatornih nukleinskih kislin za stabilizacijo, tarčno dostavo in postopno sproščanje

Maša Jovanovski, Roman Jerala, Roman Jerala, Polona Jamnik, Tanja Kunej: Načrtovanje hitro odzivnih poti za sesalske celice

Linda Škufca, Roman Jerala, Roman Jerala, Gregor Anderluh, Peter Maček: Priprava proteina tau in analiza vezave fluorescenčnih sond na njegove fibrile

Tibor Doles, Peter Maček, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Samosestavljive polipeptidne nanostrukture iz obvitih vijačnic

Špela Miklavič, Peter Maček, Mojca Narat, Roman Jerala: Priprava fuzijskih proteinov za samosestavljive membrane

Božidara Cvetković, Miha Mraz, Roman Jerala: Analiza možnosti realizacije primitivnih računalniških struktur na osnovi DNK gradnikov

Jernej Turnšek, Nataša Poklar Ulrih, Gregor Anderluh, Branka Javornik, Roman Jerala: Sinteznobiološki pristop k izboljšanju karotenoidne biosintezne poti z uporabo cinkovih prstov

Ema Pleško, Roman Jerala, Roman Jerala, Polona Jamnik, Mojca Narat: Premagovanje neželenih učinkov povezanih s celično terapijo CAR-T

Jelka Pohar, Tom Turk, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Vloga proteolize v signalizaciji dvoverižne RNK preko Toll-podobnega receptorja 3

Peter Ota, Peter Maček, Roman Jerala, Roman Jerala, Peter Maček, Matej Butala: Preučevanje vlog meddomenskih regij v Toll-podobnem receptorju 4 s povečanjem njihove fleksibilnosti

Jerneja Mori, Alojz Ihan, Darja Žgur-Bertok, Roman Jerala: Priprava in izolacija himernih flagelinov za aktivacijo imunskega odziva

Tina Lebar, Tom Turk, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Sinteza resveratrola z vezavo himernih encimov na DNK ter preverjanje učinkovitosti vezave z represijo transkripcije

Maj Hrovat, Polona Jamnik, Polona Jamnik, Roman Jerala, Mojca Narat, Iztok Prislan, Roman Jerala: Sintezno biološki pristopi za pridobivanje živilskih arom

Neža Pavko, Roman Jerala, Roman Jerala, Polona Jamnik, Mojca Narat: Tvorba dimernih proteinskih nanokletk z uporabo sistema SpyCatcher/SpyTag in proteinskega origamija

Alja Oblak, Tom Turk, Gregor Anderluh, Roman Jerala: Vpliv zamenjave aminokislin 82, 85 in 87 na aktivnost proteina MD-2

Mattia Petroni, Nikolaj Zimic, Roman Jerala: Gensko regulatorna omrežja v domeni podatkovno pretokovnih platform procesiranja

Patent

Roman Jerala, Ota Fekonja, Jelka Pohar, Helena Gradišar, Mojca Benčina, Iva Hafner Bratkovič, Marko Verce, Nika Debeljak, Jožica Friedrich, Robert Bremšak, Špela Miklavič, Urška Jelerčič, Anja Lukan, Tibor Doles, Sabina Božič: Self-assembled structures composed of single polypeptide comprising at least three coiled-coil forming elements

Other Performed Works

Eva Čeh, Vid Kočar, Katja Kolar, Ana Lasič, Jan Lonzarić, Jerneja Mori, Anže Smole, Roman Jerala, Simon Horvat, Alojz Ihan, Mojca Benčina, Karolina Ivičak, Nina Pirher, Monika Avbelj: Immunobricks