Janez Šimenc (Author), Andrej Golle (Author), Uroš Potočnik (Author)

Abstract

Za učinkovito diagnostiko bakterijskih okužb in zdravljenje je potrebna hitra in natančna identifikacija bakterije. Običajen postopek je fenotipska identifikacija, ki je pogosto zahtevna in nenatančna za atipične izolate. V naši študiji smo predpostavili, da je možno identificirati bakterije s primerjavo delnih nukleotidnih zaporedij genov, ki kodirajo 16S ribosomsko RNKs primerjavo z nukleotidnimi zaporedji v javno dostopnih podatkovnih bazah za zaporedja DNK: EMBL, GenBank, DDBJ in RDP-II. Še posebej nas je zanimala možnost identifikacije enterobakterij, saj mnogi avtorji navajajo, da te skupine bakterij ni moč ločiti na osnovi zaporedij genov 16S ribosomske RNK. Za izvedbo študije smo pridobili 15 tipskih sevov in dva klinična izolata iz zbirke Zavoda za zdravstveno varstvo Maribor, katerih rutinska fenotipska identifikacija je težavna. Iz bakterij smo izolirali DNK ter z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili variabilen odsek gena za 16S ribosomsko RNK. Pridelke PCR smo očistili in poslali na sekveniranje s prednjim začetnim oligonukleotidom v podjetje Macrogen, Koreja (www.macrogen.com). Pridobljena nukleotidna zaporedja DNK smo nato z dvema iskalnima algoritmoma; BLAST, v bazah GeneBank/EMBL/DDBJ, ter z algoritmom Sequence match v bazi RDP-II primerjali z vloženimi nukleotidnimi zaporedji, za morebitno identifikacijo vrste. Specifično smo uspeli identificirati vrste: Staphylococcus epidermidis,Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Peptostreptococcus anaerobius, Eggerthella lenta, Enterobacter cloacae, Yersinia enterocolitica, Proteus mirabilis, Streptococcus pyogenes, Enterococcus faecalis. Medtem ko Escherichia coli, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii nismo uspeli nedvoumno identificirati, čeprav je klinično nujno. Vendar menimo, da je opisan genotipski pristop za identifikacijo vrste bakterije učinkovito dopolnilo fenotipski identifikaciji, še posebno pri identifikaciji atipičnih izolatov.

Keywords

molekularna identifikacija;nukleotidno zaporedje;bakterije;

Data

Language: Slovenian
Year of publishing:
Typology: 1.01 - Original Scientific Article
Organization: UM FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
Publisher: Slovensko zdravniško društvo
UDC: 577
COBISS: 12712726 Link will open in a new window
ISSN: 1318-0347
Parent publication: Zdravniški vestnik
Views: 922
Downloads: 75
Average score: 0 (0 votes)
Metadata: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Other data

Secondary language: English
Secondary title: Molekularna identifikacija klinično pomembnih bakterij, vključno enterobakterij s primerjavo delnega nukleotidnega zaporedja gena za 16S ribosomsko RNK
Secondary abstract: Za učinkovito diagnostiko bakterijskih okužb in zdravljenje je potrebna hitra in natančna identifikacija bakterije. Običajen postopek je fenotipska identifikacija, ki je pogosto zahtevna in nenatančna za atipične izolate. V naši študiji smo predpostavili, da je možno identificirati bakterije s primerjavo delnih nukleotidnih zaporedij genov, ki kodirajo 16S ribosomsko RNKs primerjavo z nukleotidnimi zaporedji v javno dostopnih podatkovnih bazah za zaporedja DNK: EMBL, GenBank, DDBJ in RDP-II. Še posebej nas je zanimala možnost identifikacije enterobakterij, saj mnogi avtorji navajajo, da te skupine bakterij ni moč ločiti na osnovi zaporedij genov 16S ribosomske RNK. Za izvedbo študije smo pridobili 15 tipskih sevov in dva klinična izolata iz zbirke Zavoda za zdravstveno varstvo Maribor, katerih rutinska fenotipska identifikacija je težavna. Iz bakterij smo izolirali DNK ter z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili variabilen odsek gena za 16S ribosomsko RNK. Pridelke PCR smo očistili in poslali na sekveniranje s prednjim začetnim oligonukleotidom v podjetje Macrogen, Koreja (www.macrogen.com). Pridobljena nukleotidna zaporedja DNK smo nato z dvema iskalnima algoritmoma; BLAST, v bazah GeneBank/EMBL/DDBJ, ter z algoritmom Sequence match v bazi RDP-II primerjali z vloženimi nukleotidnimi zaporedji, za morebitno identifikacijo vrste. Specifično smo uspeli identificirati vrste: Staphylococcus epidermidis,Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Peptostreptococcus anaerobius, Eggerthella lenta, Enterobacter cloacae, Yersinia enterocolitica, Proteus mirabilis, Streptococcus pyogenes, Enterococcus faecalis. Medtem ko Escherichia coli, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii nismo uspeli nedvoumno identificirati, čeprav je klinično nujno. Vendar menimo, da je opisan genotipski pristop za identifikacijo vrste bakterije učinkovito dopolnilo fenotipski identifikaciji, še posebno pri identifikaciji atipičnih izolatov.
Secondary keywords: molecular identification;bacteria;16S rDNA sequences;
URN: URN:NBN:SI
Type (COBISS): Scientific work
Pages: str. 547-552
Volume: ǂLetn. ǂ77
Issue: ǂšt. ǂ9
Chronology: 2008
ID: 9595045