Janez Šimenc (Avtor), Andrej Golle (Avtor), Uroš Potočnik (Avtor)

Povzetek

Za učinkovito diagnostiko bakterijskih okužb in zdravljenje je potrebna hitra in natančna identifikacija bakterije. Običajen postopek je fenotipska identifikacija, ki je pogosto zahtevna in nenatančna za atipične izolate. V naši študiji smo predpostavili, da je možno identificirati bakterije s primerjavo delnih nukleotidnih zaporedij genov, ki kodirajo 16S ribosomsko RNKs primerjavo z nukleotidnimi zaporedji v javno dostopnih podatkovnih bazah za zaporedja DNK: EMBL, GenBank, DDBJ in RDP-II. Še posebej nas je zanimala možnost identifikacije enterobakterij, saj mnogi avtorji navajajo, da te skupine bakterij ni moč ločiti na osnovi zaporedij genov 16S ribosomske RNK. Za izvedbo študije smo pridobili 15 tipskih sevov in dva klinična izolata iz zbirke Zavoda za zdravstveno varstvo Maribor, katerih rutinska fenotipska identifikacija je težavna. Iz bakterij smo izolirali DNK ter z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili variabilen odsek gena za 16S ribosomsko RNK. Pridelke PCR smo očistili in poslali na sekveniranje s prednjim začetnim oligonukleotidom v podjetje Macrogen, Koreja (www.macrogen.com). Pridobljena nukleotidna zaporedja DNK smo nato z dvema iskalnima algoritmoma; BLAST, v bazah GeneBank/EMBL/DDBJ, ter z algoritmom Sequence match v bazi RDP-II primerjali z vloženimi nukleotidnimi zaporedji, za morebitno identifikacijo vrste. Specifično smo uspeli identificirati vrste: Staphylococcus epidermidis,Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Peptostreptococcus anaerobius, Eggerthella lenta, Enterobacter cloacae, Yersinia enterocolitica, Proteus mirabilis, Streptococcus pyogenes, Enterococcus faecalis. Medtem ko Escherichia coli, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii nismo uspeli nedvoumno identificirati, čeprav je klinično nujno. Vendar menimo, da je opisan genotipski pristop za identifikacijo vrste bakterije učinkovito dopolnilo fenotipski identifikaciji, še posebno pri identifikaciji atipičnih izolatov.

Ključne besede

molekularna identifikacija;nukleotidno zaporedje;bakterije;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija: UM FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Založnik: Slovensko zdravniško društvo
UDK: 577
COBISS: 12712726 Povezava se bo odprla v novem oknu
ISSN: 1318-0347
Matična publikacija: Zdravniški vestnik
Št. ogledov: 922
Št. prenosov: 75
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Molekularna identifikacija klinično pomembnih bakterij, vključno enterobakterij s primerjavo delnega nukleotidnega zaporedja gena za 16S ribosomsko RNK
Sekundarni povzetek: Za učinkovito diagnostiko bakterijskih okužb in zdravljenje je potrebna hitra in natančna identifikacija bakterije. Običajen postopek je fenotipska identifikacija, ki je pogosto zahtevna in nenatančna za atipične izolate. V naši študiji smo predpostavili, da je možno identificirati bakterije s primerjavo delnih nukleotidnih zaporedij genov, ki kodirajo 16S ribosomsko RNKs primerjavo z nukleotidnimi zaporedji v javno dostopnih podatkovnih bazah za zaporedja DNK: EMBL, GenBank, DDBJ in RDP-II. Še posebej nas je zanimala možnost identifikacije enterobakterij, saj mnogi avtorji navajajo, da te skupine bakterij ni moč ločiti na osnovi zaporedij genov 16S ribosomske RNK. Za izvedbo študije smo pridobili 15 tipskih sevov in dva klinična izolata iz zbirke Zavoda za zdravstveno varstvo Maribor, katerih rutinska fenotipska identifikacija je težavna. Iz bakterij smo izolirali DNK ter z verižno reakcijo s polimerazo (PCR) pomnožili variabilen odsek gena za 16S ribosomsko RNK. Pridelke PCR smo očistili in poslali na sekveniranje s prednjim začetnim oligonukleotidom v podjetje Macrogen, Koreja (www.macrogen.com). Pridobljena nukleotidna zaporedja DNK smo nato z dvema iskalnima algoritmoma; BLAST, v bazah GeneBank/EMBL/DDBJ, ter z algoritmom Sequence match v bazi RDP-II primerjali z vloženimi nukleotidnimi zaporedji, za morebitno identifikacijo vrste. Specifično smo uspeli identificirati vrste: Staphylococcus epidermidis,Bacteroides fragilis, Clostridium perfringens, Peptostreptococcus anaerobius, Eggerthella lenta, Enterobacter cloacae, Yersinia enterocolitica, Proteus mirabilis, Streptococcus pyogenes, Enterococcus faecalis. Medtem ko Escherichia coli, Serratia marcescens, Shigella flexneri, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii nismo uspeli nedvoumno identificirati, čeprav je klinično nujno. Vendar menimo, da je opisan genotipski pristop za identifikacijo vrste bakterije učinkovito dopolnilo fenotipski identifikaciji, še posebno pri identifikaciji atipičnih izolatov.
Sekundarne ključne besede: molecular identification;bacteria;16S rDNA sequences;
URN: URN:NBN:SI
Vrsta dela (COBISS): Znanstveno delo
Strani: str. 547-552
Letnik: ǂLetn. ǂ77
Zvezek: ǂšt. ǂ9
Čas izdaje: 2008
ID: 9595045