diplomsko delo
Matic Vipotnik (Avtor), Borko Bošković (Mentor), Janez Brest (Komentor)

Povzetek

V diplomskem delu smo implementirali algoritem za optimizacijo zvijanja proteinov znotraj modela HP. Algoritem na centralno procesni enoti porabi veliko časa, da protein zvije v optimalno strukturo. Zato smo algoritem prilagodili, da se izvaja na grafični procesni enoti. Učinkovitost algoritma smo analizirali na znanih sekvencah iz literature. S pomočjo algoritma, ki se je izvajal na grafični procesni enoti smo v povprečju dosegli 10,2 - kratno pohitritev v primerjavi z algoritmom, ki se izvaja na centralno procesni enoti.

Ključne besede

zvijanje proteinov;optimizacija;evolucijski algoritmi;diplomske naloge;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.11 - Diplomsko delo
Organizacija: UM FERI - Fakulteta za elektrotehniko, računalništvo in informatiko
Založnik: [M. Vipotnik]
UDK: 004.318.021(043.2)
COBISS: 35582723 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 487
Št. prenosov: 74
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Protein folding optimization within a cubic lattice by using an evolutionary algorithm and a graphics processing unit
Sekundarni povzetek: In the thesis, we implemented an algorithm for protein folding optimization within the HP model. The algorithm on the central processing unit takes a long time to fold protein into an optimal structure. Therefore, we adapted the algorithm to run on a graphics processing unit. The efficiency of the algorithm was analyzed on well-known sequences from the literature. With the help of an algorithm that was running on a graphics processing unit, we achieved on average speedup of 10,2 in compared to algorithm running on central processing unit.
Sekundarne ključne besede: protein folding;CUDA;optimization;evolutionary algorithm;
Vrsta dela (COBISS): Diplomsko delo/naloga
Komentar na gradivo: Univ. v Mariboru, Fak. za elektrotehniko, računalništvo in informatiko, Računalništvo in informacijske tehnologije
Strani: X, 30 f.
ID: 12024910