Povzetek
Gene expression analysis by quantitative reverse transcription polymerase chain reaction (RT-qPCR) allows accurate and sensitive measurment of gene expression levels. However, a series of steps needs to be taken to ensure the relevance, accuracy, correct interpretation and repeatability of the RT-qPCR experiment. We describe here a simple experiment of determining relative gene expression for caspase 8 gene in chicken chondrocytes treated with an apoptosis inducing compound 5-fluorouracil. We use this example to point out some important guidelines in setting up a gene expression study in tissue cells, analyzing and interpreting the results and reporting on the findings.
Ključne besede
molecular genetics;RT-qPCR;gene expression;tissue cells;
Podatki
Jezik: |
Angleški jezik |
Leto izida: |
2012 |
Tipologija: |
1.01 - Izvirni znanstveni članek |
Organizacija: |
UL BF - Biotehniška fakulteta |
Založnik: |
Biotehniška fakulteta |
UDK: |
575 |
COBISS: |
3081864
|
ISSN: |
1581-9175 |
Matična publikacija: |
Acta agriculturae Slovenica
|
Št. ogledov: |
1149 |
Št. prenosov: |
378 |
Ocena: |
0 (0 glasov) |
Metapodatki: |
|
Ostali podatki
Sekundarni jezik: |
Slovenski jezik |
Sekundarni povzetek: |
Analiza izražanja genov z metodo reverznega pomnoževanja in kvantitativne verižne reakcije s polimerazo v realnem času (RT-qPCR) omogoča natančno in občutljivo določanje nivoja izražanja tarčnih genov. Vendar je za zagotavljanje točnosti, natančne interpretacije in ponovljivosti eksperimenta, predvsem pa relevantnosti rezultatov, pomembno natančno poznavanje korakov postopka. V tem prispevku opisujemo enostaven poskus, v katerem smo v celični liniji kokošjih hondrocitov, ki smo jih tretirali s spojino 5-fluorouracil, ki sproži apoptozo, določili relativno izražanje gena, ki kodira encim kaspazo 8.Ta primer smo uporabili za izpostavitev nekaterih pomembnih smernic pri oblikovanju študije izražanja genov v tkivnih celicah, analizi in interpretaciji rezultatov ter oblikovanju zaključkov. |
Sekundarne ključne besede: |
molekularna genetika;kvantitativni PCR v realnem času;genetsko izražanje;tkivne celice; |
URN: |
URN:NBN:SI |
Vrsta dela (COBISS): |
Delo ni kategorizirano |
Strani: |
str. 19-28 |
Letnik: |
ǂLetn. ǂ100 |
Zvezek: |
ǂšt. ǂ1 |
Čas izdaje: |
2012 |
Ključne besede (UDK): |
mathematics;natural sciences;naravoslovne vede;matematika;biological sciences in general;biologija;general genetics;general cytogenetics;splošna genetika;splošna citogenetika; |
DOI: |
10.2478/v10014-012-0009-0 |
ID: |
1445737 |