magistrsko delo
Povzetek
Koronavirus SARS-CoV-2 je povzročil pandemijo COVID-19, bolezni, ki je v zadnjih letih svojimi številnimi resnimi simptomi pomembno vplivala na življenja ljudi po svetu. Nukleotidno zaporedje virusa SARS-CoV-2 je 79.6% enako virusu SARS CoV, ki je povzročil epidemijo SARS. Domena SUD M proteina Nsp3 SARS-CoV z aminokislinskimi ostanki K563, K565, K568 in E571 veže G-kvadruplekse. Ker mutacija vezavnega mesta prepreči replikacijo virusa SARS-CoV in vivo, ima interakcija z G-kvadrupleksom velik terapevtski potencial. Primerjali smo aminokislinsko zaporedje domene SUD M SARS-CoV in SARS-CoV-2 in ugotovili, da je vezavno mesto K563, K565, K568 in E571 ohranjeno pri virusu SARS-CoV-2. Ker SARS-CoV-2 ne vsebuje genomskih zaporedij, ki bi tvorila stabilne G-kvadruplekse, je verjetno, da so tarče SUD M celične z gvanini bogate mRNA. Analizirali smo 3' neprevedene regije genov MAPK1, RAB6B, BBC3 in TAB3 ter z enodimenzionalnimi NMR eksperimenti dokazali, da 21 nukleotidov dolgo z gvanini bogato zaporedje RAB6B tvori G-kvadrupleksne strukture. S podaljšanjem zaporedja z uracilnimi nukleotidi smo zmanjšali agregacijo oligonukleotida. Z dvodimenzionalnimi NMR metodami smo pokazali, da 19 aminokislin dolg peptid, ki ustreza zaporedju vezavnega mesta za G-kvadrupleks domene SUD M SARS-COV-2 interagira z G-kvadrupleksno RAB6B RNA.
Ključne besede
SUD M;SARS-CoV-2;mRNA;G-kvadrupleks;NMR spektroskopija;RNA oligonukleotidi;magistrska dela;
Podatki
Jezik: |
Slovenski jezik |
Leto izida: |
2023 |
Tipologija: |
2.09 - Magistrsko delo |
Organizacija: |
UL FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo |
Založnik: |
[K. Dolenc] |
UDK: |
577.2(043.2) |
COBISS: |
146292483
|
Št. ogledov: |
20 |
Št. prenosov: |
7 |
Ocena: |
0 (0 glasov) |
Metapodatki: |
|
Ostali podatki
Sekundarni jezik: |
Angleški jezik |
Sekundarni naslov: |
Human 3’-UTR mRNA interactions with peptides of SUD M domain of the SARS-CoV-2 Nsp3 protein |
Sekundarni povzetek: |
SARS-CoV-2 pandemic has caused major negative socio-economic consequences around the globe. SARS-CoV-2 shares a 79.6% nucleotide sequence identity with the SARS-CoV virus that was the cause of the SARS epidemic. Amino acid residues K563, K565, K568 and E571 of the SUD M domain of Nsp3 SARS-CoV bind G-quadruplexes. Because mutations in this binding sequence abolish SARS-CoV viral replication in vivo, the interaction of SUD M with G-quadruplexes possesses great therapeutic potential. A comparison of the SUD M domains of both Coronaviruses revealed an identical G-quadruplex binding sequence in the SARS-CoV-2 SUD M. However, no stable G-quadruplex structures were found in SARS-CoV-2 genomic sequences, and it is therefore believed that cellular G-quadruplex mRNAs are the target of SUD M. 3'UTR mRNA sequences of the genes MAPK1, RAB6B, BBC3 in TAB3 were analysed and a 21-nucleotide guanine-rich sequence from the RAB6B gene was found to form G-quadruplexes using one-dimensional solution NMR. Aggregation was minimised by the addition of uracil residues at the 5’- and 3’-end. Using two-dimensional NMR experiments we have demonstrated that a 19 amino acid peptide of the SARS-CoV-2 SUD M and G-quadruplex RAB6B RNA interact in vitro. |
Sekundarne ključne besede: |
SUD M;SARS-CoV-2;G-quadruplex;NMR;Peptidi;Nukleinske kisline;Univerzitetna in visokošolska dela; |
Vrsta dela (COBISS): |
Magistrsko delo/naloga |
Študijski program: |
1000377 |
Konec prepovedi (OpenAIRE): |
1970-01-01 |
Komentar na gradivo: |
Univ. v Ljubljani, Fak. za kemijo in kemijsko tehnologijo, smer Biokemija |
Strani: |
51 str. |
ID: |
18326721 |