magistrsko delo
Zala Serianz (Avtor), Urban Bren (Mentor), Anja Kolarič (Komentor)

Povzetek

Neuropilin 1 je eden najpomembnejših koreceptorjev vaskularnega endotelijskega rastnega faktorja A. Vključen je v številne fiziološke in patološke procese, med drugim sodeluje pri vezavi virusa SARS-CoV-2. Zaradi nujne potrebe po inovativnih strategijah boja proti virusu SARS-CoV-2 je magistrsko delo usmerjeno na računalniško pot odkrivanja potencialnih zaviralcev neuropilina 1 za preprečevanje vezave virusa SARS-CoV-2. Za uporabo tandemskega pristopa farmakofornega modeliranja in virtualnega rešetanja smo uporabili znano kristalno strukturo neuropilina 1 v kompleksu z zaviralcem EG01377 ter uveljavljene aktivne spojine iz znanstvene literature z določeno stopnjo zaviranja vezave različnih ligandov na neuropilin 1, s čimer smo pridobili dva različna farmakoforna modela. Z uporabo teh modelov pri virtualnem rešetanju smo uspešno identificirali 20 spojin zadetkov kot potencialnih zaviralcev neuropilina 1, ki bi jih bilo potrebno eksperimentalno preveriti za potrditev njihove vezavne afinitete in aktivnosti. Identificirane spojine smo primerjali z že znanimi aktivnimi spojinami za boljši vpogled v njihove strukturne podobnosti in z njimi povezane interakcije ligand-neuropilin 1.

Ključne besede

Neuropilin 1;SARS-CoV-2;zaviralci;farmakoforno modeliranje;virtualno rešetanje;magistrske naloge;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.09 - Magistrsko delo
Organizacija: UM FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Založnik: [Z. Serianz]
UDK: 577(043.2)
COBISS: 185513219 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 250
Št. prenosov: 24
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Search for new inhibitors that prevent SARS-CoV-2 binding to neuropilin 1
Sekundarni povzetek: Neuropilin 1 is one of the most important co-receptors of vascular endothelial growth factor. It is involved in many physiological and pathological processes, including SARS-CoV-2 binding. Due to the urgent need for innovative strategies against SARS-CoV-2, the master thesis focuses on a computational pathway for the discovery of potential neuropilin 1 inhibitors to prevent the binding of SARS-CoV-2 virus. To apply a tandem approach of pharmacophore modelling and virtual screening, we used the known crystal structure of neuropilin 1 in complex with inhibitor EG01377 as well as known active compounds from the scientific literature with a certain degree of inhibition of different ligands binding to neuropilin 1, to obtain two distinct pharmacophore models. Applying these models in the virtual screening, we successfully identified 20 hit compounds as potential inhibitors of neuropilin 1 that should be experimentally tested to confirm their binding affinity and activity. Identified compounds were further compared with already known active compounds to gain additional insight into their structural similarities and associated ligand-NRP1 interactions.
Sekundarne ključne besede: Neuropilin 1;SARS-CoV-2;inhibitors;pharmacophore modeling;virtual screening;
Vrsta dela (COBISS): Magistrsko delo/naloga
Komentar na gradivo: Univ. v Mariboru, Fak. za kemijo in kemijsko tehnologijo
Strani: 1 spletni vir (1 datoteka PDF (X, 58 f.))
ID: 20358255