Blaž Stres (Avtor), Boštjan Murovec (Avtor)

Povzetek

We explored existing primer sequences targeting nitrous oxide reductase (nosZ) gene in order to explore their capability to recognize variant nosZ sequences. Published nosZ sequences longer than 380 AA residues were obtained from FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) and used for explorations with PrimerChart program. The numbers of sequences recovered using all possible forward and reverse primer combinations were determined and the stringency of primer site recognition was further varied by allowing 1, 2, or 3 primer mismatches to DNA binding site. We identified novel primer combinations resulting in satisfactory amplicon length (> 500 bp) and increased sequence recognition capabilities at comparable forward and reverse primer melting temperatures. Overall, this study indicates that current state of the art molecular methods can be and should frequently be further refined by the use of targeted bioinformatic approaches.

Ključne besede

micorbiology;molecular biology;denitrification;nitrous oxide reductase;melting temperature;detection;

Podatki

Jezik: Angleški jezik
Leto izida:
Tipologija: 1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija: UL BF - Biotehniška fakulteta
Založnik: Biotehniška fakulteta
UDK: 579
COBISS: 2546568 Povezava se bo odprla v novem oknu
ISSN: 1581-9175
Matična publikacija: Acta agriculturae Slovenica
Št. ogledov: 1264
Št. prenosov: 295
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Slovenski jezik
Sekundarni naslov: Nove kombinacije začetnih oligonukleotidov s primerljivimi temperaturami taljenja zaznavajo najvišje število sekvenc nosZ v podatkovnih bazah
Sekundarni povzetek: V tej študiji sva raziskala obstoječe sekvence začetnih oligonukleotidov, s katerimi se pomnožujejo fragmenti gena za reduktazo N2O (nosZ), da bi proučila njihovo zmožnost prepoznavanja variant sekvenc nosZ. Objavljene sekvence gena nosZ daljše od 380 aminokislninskih ostankov sva pridobila od FunctionalGene Database /Repository (http://flyingcloud.cme.msu.edu/fungene/) in jih analizirala s programom PrimerChart. Raziskala sva število, ki ga prepoznajo posamične mone kombinacije yačetnih oligonukleotidov. V nadaljevanju sva spreminjala natančnost prileganja začetnih oligonukleotidov na tarčno DNK tako, da sva dovolila 1, 2, or 3 napačna parjenja med začetnim oligonukleotidom in DNK. Tako sva identificirala nove kombinacije začetnih oligonukleotidov, ki ustvarijo ustrezno dolge fragmente (> 500 bp), s povišano sposobnostjo prepoznavanja sekvenc pri primerljivi temperaturi taljenja začetnih oligonukleotidov. Prav tako so se nakazale nove možnosti za izboljšanje začetnih oligonukleotidov z vnosom novih degeneriranih mest. Ta študija nakazuje, da je novejše molekularne metode možno in tudi potrebno pogosto nadgrajevati s ciljanimi bioinformatskimi pristopi.
Sekundarne ključne besede: mikrobiologija;molekularna biologija;denitrifikacija;dušikov oksid;reduktaza;temperatura taljenja;zaznavanje;
URN: URN:NBN:SI
Vrsta dela (COBISS): Delo ni kategorizirano
Strani: str. 139-142
Letnik: ǂLetn. ǂ94
Zvezek: ǂšt. ǂ2
Čas izdaje: 2009
Ključne besede (UDK): mathematics;natural sciences;naravoslovne vede;matematika;biological sciences in general;biologija;microbiology;mikrobiologija;
ID: 21450