doktorska disertacija
Tjaša Žohar Čretnik (Avtor), Maja Rupnik (Avtor)

Povzetek

V svetu sistemi sledenja proti meticilinu odpornega Staphylococcus aureus (MRSA) temeljijo predvsem na izolatih iz hemokultur. Omejitve takšnega pristopa so znane. Z raziskavo, v katero smo vključili MRSA izolate iz dobro opredeljene zbirke izolatov iz različnih kužnin iz obdobja petih let iz tretje slovenske regije, smo identificirali skupino, ki bi bila optimalna za sledenje genetskih lastnosti populacije MRSA. S sekvenciranjem celotnega genoma in določanjem občutljivosti za protimikrobna zdravila smo analizirali 306 izolatov in pridobili za Slovenijo prve tovrstne podatke. Ugotovili smo veliko genetsko pestrost izolatov in potrdili 30 MLST sekvenčnih tipov, 39 MLST-SCCmec genetskih linij, 49 spa tipov, 29 fenotipskih rezistenčnih profilov, 57 rezistenčnih in 96 virulenčnih genov. S pomočjo izolatov iz hemokultur smo sicer zajeli prevladujoče klone, vendar v tej skupini nismo zaznali večine prisotnih klonov in tudi ne nekaterih pomembnih rezistenčnih in virulenčnih genov. Med izolati iz hemokultur je bilo prisotnih 21,3 % spa tipov, 24, 1 % fenotipskih rezistenčnih profilov in 28,2 % MLST-SCCmec genetskih linij, med izolati iz mehkih tkiv pa 65,3 % spa tipov, 58,6 % fenotipskih rezistenčnih profilov, 71,8 % MLST-SCCmec tipov, 100 % virulenčnih genov in 82,5 % rezistenčnih genov, zaradi česar je to skupino izolatov smiselno vključiti v sistem sledenja.

Ključne besede

MRSA;klonalna sruktura;sledenje;virulenca;rezistenca;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.08 - Doktorska disertacija
Organizacija: UM MF - Medicinska fakulteta
Založnik: T. Žohar Čretnik]
UDK: 616.98:579.861(043.3)
COBISS: 218269443 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 0
Št. prenosov: 0
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Diffining the approach to mollecular surveillance of genetic diversity of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from human samples
Sekundarni povzetek: Surveillance schemes for methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are widely established at the national and international levels but mainly only isolates from bloodstream infections are included. The limitations of this approach are well described. We conducted a comprehensive analysis of MRSA isolates in Savinjska and Posavska region over five years to identify the optimal sample group for assessing overall MRSA diversity. At the same time, this study provides to date non-available molecular characterization of Slovenian MRSA isolates for different groups of samples. A total of 306 MRSA isolates from various sources were sequenced and phenotypically tested for resistance. The isolates exhibited significant molecular diversity, encompassing 30 MLST STs, 39 ST-SCCmec genetic lineages, 49 spa-types, 29 phenotypic antibiotic-resistance profiles, 57 resistance genes, representing 22 resistance mechanisms, and 96 virulence genes. While bloodstream isolates provided insights into frequently detected clones, they overlooked majority of clones and important virulence and resistance genes. Blood culture isolates detected 21.3% spa-types, 24.1% resistance phenotypes, and 28.2% MLST-SCCmec profiles. In contrast, strains from soft tissues demonstrated superior genomic diversity capture, with 65.3% spa-types, 58.6% resistance phenotypes, and 71.8% MLST-SCCmec profiles. These strains also encompassed 100.0% of virulence and 82.5% of resistance genes, making them better candidates for inclusion in surveillance programs.
Sekundarne ključne besede: MRSA;clonal structure;surveillance;resistance;virulence;
Vrsta dela (COBISS): Doktorska disertacija
Komentar na gradivo: Univ. v Mariboru, Medicinska fak.
Strani: IX f., 112 str.
ID: 23762188