diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Karin Rajh (Avtor), Uroš Potočnik (Mentor), Helena Sabina Čelešnik (Komentor), Darja Arko (Komentor)

Povzetek

Rak dojke (RD) je najpogosteje diagnosticiran rak pri ženskah in je glavni vzrok smrti zaradi raka pri ženskah po vsem svetu. Gre za heterogeno bolezen, ki se razlikuje na molekularni, histološki in klinični ravni. Ločimo več podtipov RD, ki jih delimo na podlagi histopatoloških in molekularnih značilnosti. Podtipa trojno negativni RD in HER2-pozitivni RD (TNRD in HER2+) sta na splošno bolj imunogena in povezana z boljšo odzivnostjo na imunoterapijo kot luminalna podtipa (luminalni A in B). Analize krvi omogočajo vpogled v sistemski imunski odziv na tumorske celice. Odvzem krvi je lahko dostopna metoda pridobivanja bioloških vzorcev, ki lahko pripomore k zgodnjemu odkrivanju RD. V Centru za humano genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru so z metodo RNA-seq opravili sekvenciranje transkriptoma imunskih celic iz periferne krvi (mononuklearnih celic periferne krvi, PBMC) pri 25 bolnicah z RD, od tega 13 s podtipom luminalni A in 12 s podtipom TNRD. Z bioinformatsko analizo transkripcijskih izoform so identificirali izoformo ENST00000378603 gena DDB2 kot potencialno pomembno, saj je pokazala značilno diferencialno izražanje med tema dvema podtipoma RD. V nasprotju z omenjeno izoformo pa so se druge izoforme gena DDB2, na primer izoforma ENST00000256996, enako izražale pri podtipih TNRD in luminalni A. Namen te diplomske naloge je bila validacija ter razširitev teh ugotovitev z analizo izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR na večjem številu vzorcev, ki so vključevali 182 vzorcev bolnic z RD vseh podtipov in 37 vzorcev zdravih oseb. Da bi lahko ovrednotili izražanje izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR, je bilo najprej potrebno optimizirati reakcijske pogoje s specifičnimi oligonukleotidnimi začetniki za obe izoformi. Po optimizaciji reakcijskih pogojev smo z RT-qPCR izmerili izražanje izoforme ENST00000256996 pri bolnicah z RD in zdravih osebah. V nasprotju pa je bila optimizacija reakcijskih pogojev za izoformo ENST00000378603 neuspešna. Ugotovili smo, da se izoforma ENST00000256996 statistično značilno bolj izraža v vzorcih zdravih oseb kot v vzorcih pacientk z RD, kar je v skladu z našo hipotezo, saj je produkt gena DDB2 udeležen pri popravljanju poškodb DNA, njegova odsotnost pa je povezana s kopičenjem DNA-napak in kancerogenezo. Rezultati so potrdili tudi, da se analizirana izoforma enako izraža v podtipih RD TNRD in luminalni A.

Ključne besede

Rak dojke;TNRD;PBMC;DDB2;transkripcijske izoforme;biooznačevalci;diplomske naloge;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.11 - Diplomsko delo
Organizacija: UM FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Založnik: [K. Rajh]
UDK: 575.11:618.19-006(043.2)
COBISS: 221558019 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 0
Št. prenosov: 23
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: Expression of DDB2 isoforms in peripheral blood mononuclear cells of breast cancer subtypes
Sekundarni povzetek: Breast cancer (BC) is the most frequently diagnosed cancer among women and the leading cause of cancer-related deaths in women worldwide. It is a heterogeneous disease that differs at the molecular, histological, and clinical levels. Several subtypes of BC are distinguished based on the histopathological and molecular characteristics. Triple-negative BC and HER2-positive BC (TNBC and HER2+) are generally more immunogenic and associated with a better response to immunotherapy than the luminal subtypes (luminal A and B). Blood analyses provide insight into the systemic immune response to tumor cells. Blood sampling is an easily accessible method for obtaining biological samples, which can aid in the early detection of BC. In the Center for Human Genetics and Pharmacogenomics at the Faculty of Medicine in Maribor, transcriptome sequencing of immune cells from peripheral blood (peripheral blood mononuclear cells, PBMCs) was performed using the RNA-seq method on 25 BC patients, including 13 with the luminal A subtype and 12 with the TNBC subtype. Bioinformatics analysis of transcriptional isoforms identified the ENST00000378603 isoform of the DDB2 gene as potentially significant, showing differential expression between these two BC subtypes. In contrast to this isoform, expression of other isoforms of the DDB2 gene, such as ENST00000256996, was comparable between TNBC and luminal A subtypes. The aim of this thesis was to validate and extend these findings by analyzing the isoforms of the DDB2 gene using RT-qPCR in a larger number of samples, including 182 samples from BC patients of all subtypes and 37 samples from healthy individuals. To evaluate the expression of the DDB2 gene isoforms using RT-qPCR, it was first necessary to optimize the reaction conditions with specific oligonucleotide primers for both isoforms. After optimizing the reaction conditions, we measured the expression of the ENST00000256996 isoform in BC patients and healthy individuals using RT-qPCR. In contrast, optimisation of the reaction conditions for isoform ENST00000378603 was unsuccessful. We found that the ENST00000256996 isoform is significantly more expressed in healthy individuals than in BC patients' samples, which is consistent with our hypothesis, as the product of the DDB2 gene is involved in DNA damage repair, and its absence is associated with the accumulation of DNA errors and carcinogenesis. The results also confirmed that the analyzed isoform is equally expressed in the TNBC and luminal A breast cancer subtypes.
Sekundarne ključne besede: breast cancer;TNBC;PBMC;DDB2;transcriptional isoforms;biomarkers;
Vrsta dela (COBISS): Diplomsko delo/naloga
Komentar na gradivo: Univ. v Mariboru, Fak. za kemijo in kemijsko tehnologijo
Strani: 1 spletni vir (1 datoteka PDF (IX, 29 f.))
ID: 24871470