magistrsko delo
Adel Bureković (Avtor), Borko Bošković (Mentor), Janez Brest (Komentor)

Povzetek

Poravnava bioloških sekvenc je računsko kompleksen problem, pri katerem skušamo z različnimi pristopi pridobiti čim bolj optimalno poravnavo. Namen magistrskega dela je bil predstaviti reševanje problema poravnave bioloških sekvenc s pomočjo evolucijskega algoritma. Ker je problem lahko časovno zahteven, smo algoritem implementirali s programskim jezikom C++. Naš algoritem smo primerjali s programskim orodjem Clustal X na skupinah sekvenc DNK in skupinah sekvenc proteinov, ki smo jih pridobili iz podatkovne baze BAliBase. Z našim algoritmom smo se v nekaterih primerih dokaj približali rezultatom programskega orodja Clustal X.

Ključne besede

evolucijski algoritmi;poravnava sekvenc DNK;poravnava sekvenc proteinov;magistrske naloge;

Podatki

Jezik: Slovenski jezik
Leto izida:
Tipologija: 2.09 - Magistrsko delo
Organizacija: UM FERI - Fakulteta za elektrotehniko, računalništvo in informatiko
Založnik: A. Bureković
UDK: 004.021:575.82(043.2)
COBISS: 21805590 Povezava se bo odprla v novem oknu
Št. ogledov: 799
Št. prenosov: 307
Ocena: 0 (0 glasov)
Metapodatki: JSON JSON-RDF JSON-LD TURTLE N-TRIPLES XML RDFA MICRODATA DC-XML DC-RDF RDF

Ostali podatki

Sekundarni jezik: Angleški jezik
Sekundarni naslov: An evolutionary algorithm for sequence alignment
Sekundarni povzetek: Sequence alignment of biological sequences is a computationaly complex problem where we try to achieve the most optimal sequence alignment with different approaches. In this thesis we introduce multiple sequence alignment method with evolutionary algorithm. Our algorithm is written in C++ programming language for optimization purposes. We compared alignment results of our implementation with Clustal X program on dataset of different DNA and protein sequences that we have found in BAliBase database. In some cases we have found that results of our algorithm are quite comparable to Clustal X program.
Sekundarne ključne besede: evolutionary algorithms;evaluation DNA sequence alignment;protein sequence alignment;
URN: URN:SI:UM:
Vrsta dela (COBISS): Magistrsko delo/naloga
Komentar na gradivo: Univ. v Mariboru, Fak. za elektrotehniko, računalništvo in informatiko, Računalništvo in informacijske tehnologije
Strani: VIII, 53 str.
ID: 10950830