Št. zadetkov: 18
Magistrsko delo
Oznake:
biotehnologija;genski inženiring;sistemi toksin-antitoksin;higBA2;negativna kooperativnost;perzistenca;
Sistemi toksin-antitoksin so sestavljeni iz genskih parov toksina, ki vpliva na metabolizem, ter antitoksina, ki regulira toksin in ga ob normalnih rastnih razmerah nevtralizira. Njihova najbolj splošno sprejeta funkcija je stabilizacija genskih elementov, druge predlagane funkcije obsegajo altruist ...
Leto:
2020
Vir:
Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije
Diplomsko delo
Oznake:
proteini;deoksiribonukleinska kislina;hidratacijski skelet;kompleksi protein/DNK;termodinamika tvorbe kompleksov;sprememba toplotne kapacitete;spremembe vodi dostopne površine;diplomska dela;
Zvitje DNK vijačnice spremlja zmanjšanje toplotne kapacitete. Poleg prispevka 'običajne' dehidratacije lahko tudi specifično vezane molekule vode v mali žleb DNK, ki tvorijo tako imenovani hidratacijski skelet, predstavljajo pomemben prispevek k toplotni kapaciteti. V tem diplomskem delu sem ocenila ...
Leto:
2021
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Izvirni znanstveni članek
Oznake:
prepoznavanje DNA;pogojna kooperativnost;regulacija transkripcije;interakcije protein-DNA;interakcije ligand-DNA;distamicin;netropsin;termodinamika vezave;fazni diagrami;zvitje DNA;DNA recognition;conditional cooperativity;transcription regulation;protein-DNA interactions;ligand-DNA interactions;distamycin;thermodynamics of binding;phase diagrams;DNA folding;
The recognition of specific DNA sequences in processes such as transcription is associated with a cooperative binding of proteins. Some transcription regulation mechanisms involve additional proteins that can influence the binding cooperativity by acting as corepressors or coactivators. In a conditi ...
Leto:
2021
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Izvirni znanstveni članek
Oznake:
motiv vezanja;neugodno zvitje;zvitje ob vezanju;kaotičnost;intrinzično neurejeni proteini;peptidni inhibitor;predzvitje;binding motif;folding penalty;folding-upon-binding;fuzziness;intrinsically disordered proteins;peptide inhibitor;prefolding;
Intrinsically disordered proteins (IDPs) are abundant in eukaryotic proteomes and preform critical roles in many cellular processes, most often through the association with globular proteins. Despite lacking a stable three-dimensional structure by themselves, they may acquire a defined conformation ...
Leto:
2022
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Diplomsko delo
Oznake:
antigeni;nanotelesa;energijsko pomembne interakcije;kontakt;epitop;FoldX;diplomska dela;
Nanotelesa so proteini izvedeni iz posebne vrste imunoglobulinov, ki imajo samo težko verigo in imajo zaradi tega posebne lastnosti. Dodaten vpogled v način prepoznave antigenov z nanotelesi lahko dobimo z analizo energijsko močnejših interakcij (ang. hot-spot). Za iskanje teh interakcij in silico s ...
Leto:
2023
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Diplomsko delo
Oznake:
bakterijske kolonije;bakterijska rast;dinamika rasti;hitrost rasti;spremljanje rasti posameznih kolonij;ScanLag;diplomska dela;
Hitrost bakterijske rasti je eden od temeljnih mikrobioloških parametrov. Ocenimo ga lahko z merjenjem optične gostote v različnih časovnih intervalih. Na ta način določimo čas podvojitve za celotno populacijo. Vendar tovrstna analiza na nivoju celotne populacije lahko spregleda pomembno celično het ...
Leto:
2023
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Diplomsko delo
Oznake:
PRPP sintetaza;riboza-fosfat pirofosfokinaza;termodinamska stabilnost;CD spektroskopija;diplomska dela;
Encim riboza-fosfat pirofosfokinaze ali PRPP sintetaza katalizira pretvorbo riboze-5-fosfat v fosforibozil pirofosfat, ki je prekurzor za sintezo purinskih in pirimidinskih nukleotidov. Gre za esencialen encim, ki je dobro ohranjen in ga najdemo tako pri bakterijskih organizmih kot pri človeku. V di ...
Leto:
2023
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Diplomsko delo
Oznake:
diferenčna dinamična kalorimetrija;kalorimetri;modelno neodvisen način;modelno odvisen način;proteini;entalpija denaturacije;diplomske naloge;
Kalorimetrija je metoda pri kateri merimo toplotne effekte s pomočjo kalorimetra. Pri diferenčni dinamični kalorimetriji (DSC) merimo toplotni tok, ki prehaja v vzorec ali iz njega. V moji diplomski nalogi sem prikazala uporabo DSC pri analizi biopolimerov in uporabila DSC za študij stabilnosti biop ...
Leto:
2024
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Izvirni znanstveni članek
Oznake:
biokemija;proteinski origami;obvite vijačnice;CCPO;DNK;
Coiled-coil protein origami (CCPO) uses modular coiled-coil building blocks and topological principles to design polyhedral structures distinct from those of natural globular proteins. While the CCPO strategy has proven successful in designing diverse protein topologies, no high-resolution structura ...
Leto:
2023
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)
Izvirni znanstveni članek
Oznake:
cirkularni dikroizem;prehod vijačnica-naključni klobčič;Lifson-Roigov model;eliptičnost alfa-vijačnice;termodinamika zvitja;circular dichroism;helix-coil transition;Lifson-Roig model;helix ellipticity;polylanine alpha-helix folding thermodynamics;
An established method for the quantitation of the helix content in peptides using circular dichroism (CD) relies on the linear spectroscopic model. This model assumes an average value of the helix-length correction for all peptide conformers, irrespective of the length of the helical segment. Here w ...
Leto:
2024
Vir:
Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo (UL FKKT)